Первоначальная каменная церковь выстроена в 1383-1384 гг. посадниками Родиславом Даниловичем, Устином и Филиппом. Однако, в 1526 году церковь была заново перестроена.
Это были две самостоятельные приходские церкви, построенные на одном основании. С северной стороны к церкви Филиппа примыкала Никольская церковь.
В 1608 году два прихода сливаются в один. В 1659-1660 гг. Никольская церковь становится трехэтажной. В XVIII веке производится капитальная перестройка - Никольская церковь становится двухэтажной и преобразуется в придел. Одновременно возводится колокольня, которая примыкает к северо-западному углу Николаевского придела.
В начале XX века северный Никольский придел прекратил свое существование. В 1962 году, в связи с переводом церкви Филиппа в действующую, в ней проводились исследовательские и реставрационные работы: раскрыты и восстановлены первоначальные порталы подцерковья. В 1969-1970 гг. проводились обмеры и исследования памятника, из-под завалов раскрыты остатки стен Никольской церкви, составлен проект реставрации.
Несмотря на перестройку, церковь Филиппа сохранила свой древний квадрат с одной апсидой в плане и на значительную высоту свои древние каменные стены. Самое необычное в том, что две церкви находятся под одной крышей.
Это единственное в Новгороде архитектурное сооружение типа "сдвоенные" церкви, история которого уходит вглубь веков.